• Boden
• Außenluft
• Innenluft
• Wasser

Schimmelpilze sind an der Zersetzung von organischem Material beteiligt und spielen damit eine große Rolle im Kohlenstoffkreislauf der Natur. Im Gegensatz zu grünen Pflanzen sind Pilze nicht in der Lage, Sonnenlicht als Energiequelle zu nutzen und aus Kohlendioxid und Wasser Biomasse zu bilden. Schimmelpilze sind chlorophylfreie Organismen. Sie brauchen zum überleben Kohlenstoff aus organischen Materialien. Hauptsächlich sind sie deshalb im Erdboden zu finden, von wo sie mit ihren überreich gebildeten Sporen andere Lebensbereiche besiedeln. So gelangen die Sporen, bevorzugt in trockenen Sommermonaten, in sehr großer Anzahl in die Luft. Ihre Konzentration in der Außenluft ist je nach Ort, Klima, Tages- und Jahreszeit großen Schwankungen unterworfen. Diese Schwankungen werden durch natürliche Einflüsse hervorgerufen, beispielweise durch Änderung der Temperatur und Feuchtigkeit im Jahresverlauf sowie durch Abhängigkeit von der geografischen Lage, Ansammlung von verrottendem Material oder Aufwirbelung von Erde. Weiterhin können Schimmelpilze auch durch Produktionsprozesse freigesetzt werden, z.B. in Kompostierungsanlage, Wertstoffsortierungsanlagen, Tierhaltungsanlagen oder in der Getreideverarbeitung. In der Außenluft ist die Lebensdauer der Pilzsporen von der Temeratur, der Luftfeuchtigkeit und der Sonneneinstrahlung abhängig. Farblose Sporen werden rasch durch die UV-Strahlen im Sonnenlicht abgetötet. Dies führt dazu, dass die pigmentierten Sporen von Alternaria und Cladosporum in allen untersuchten Luftproben der verschiedensten Regionen der Erde überwiegen. Schimmelpilze in der Innenraumluft können zwei Quellen haben. Zum einen können sie bei Lüftungsvorgängen aus der Außenluft in den Innenraum gelangt sein; zum anderen können sie aus Quellen im Innenraum (z.B. verschimmelte Wände) stammen. Daher muß bei Schimmelpilzmessungen in der Innenraumluft parallel auch die Außenluft untersucht werden. Da Räume häufig mehr Staub enthalten als die Außenluft und sich die Sporen an die Staubteilchen anhängen, können hohe Keimgehalte auftreten, zumal eine Verdünnung durch Luftbewegung vermindert ist und die abtötende Wirkung der UV-Strahlen hier fehlt. Ein hoher Anteil an Schimmelpilzsporen in der Innenluft entsteht immer dann, wenn in Innenräumen mit staubenden organischen Materialien gearbeitet wird (z.B. Scheunen, Tierställen, Mühlen, Malzfabriken, Lederfabriken, holzverarbeitende Industrie). Im Wasser sind Schimmelpilze nur selten anzutreffen.