Die Sporen sind praktisch die Samen des Schimmelpilzes. In der generative Phase bilden die Schimmelpilze zur Verbreitung eine Vielzahl dieser Sporen, die je nach Art ihrer Entstehung in ungeschlechtliche (Sporangiosporen, Konidien) und, viel seltener, geschlechtliche Sporen (Zygosporen, Ascosporen) unterteilt werden. Erst mit Hilfe dieser Strukturen sind Schimmelpilze bestimmbar. Da die ungeschlechtlichen Sporen meist in großer Anzahl gebildet werden und oft gefärbt sind, werden die Schimmelpilze in diesem Stadium dann auch mit dem bloßen Auge z.B. als Schimmelpilzflecken erkennbar. Schimmelpilzsporen sind rundlich und umfassen je nach Art den Größenbereich von 2 bis 20 µm, in wenigen Fällen bei 30µm und mehr (1µm entspricht 1/1000 mm). Die meisten Sporen haben Durchmesser unter 10 µm und sind damit lungengängig. Sie können eingeatmet werden sowie in der Luft über weite Strecken schweben und mit dem Wind transportiert werden. Pilzsporen sind schwerer als Luft und sinken daher bei ruhiger Luft ab und können so neue Substrate besiedeln. Aufgrund der dicken Zellwände aus Chitin sind Schimmelpilzsporen sehr widerstandsfähig gegen Austrocknung. In diese Zellwände sind bei vielen Schimmelpilzarten Melanine eingelagert, die die Sporen vor Schäden durch UV-Licht schützen. Außerdem sind einige Schimmelpilzsporen sehr hitzeresistent. Die Sporen sind in unseren Breitengraden in einer bestimmten Konzentration in der Luft praktisch immer vorhanden: im Sommer ca. 3.000, im Winter ca. 50 pro Kubikmeter. In dieser üblichen Konzentration sind sie in der Regel auch ungefährlich für Mensch, Tier und Gebäude. Der wichtigste Faktor für die Keimung der Sporen ist die Wasseraktivität des Nährmediums. Die Wasseraktivität beinhaltet dabei nur das Wasser vom Gesamtwassergehalt, welches nicht an Fasern oder Salzen fest gebunden ist. Außerdem ist die Wasseraktivität von der chemischen Zusammensetzung, der Temperatur und dem ph-Wert abhängig. Die Wasseraktivität steht somit im direkten Zusammenhang mit der relativen Luftfeuchtigkeit.